Die Stufentheorie wurde von Jacob Gottfried Weber entwickelt und später hat sie Simon Sechter ausgebaut. Es ist ein Mittel zur Analyse der Harmonik des Musikstückes. Mit deren Hilfe kann man sich den harmonischen Bauplan eines Stückes im Allgemeinen anschauen, um das Stück leichter zu den anderen Stücken in anderen Tonarten vergleichen zu können. So kann man zwei Stücke auf einen gemeinsamen "Nenner" bringen. Zugleich kann die Stufentheorie die harmonischen Wendungen bereitstellen, die sich auf viele Tonarten übertragen lassen. Die Grundlage der Stufentheorie ist eine Tonleiter, aus der man das Tonmaterial der Grundtonart herauslesen kann. Dies kann eine Dur- oder Molltonleiter sein, aber auch jede andere Skala wie Pentatonik oder die alten Kirchentonarten.
Dabei nennt man zuerst die einzelnen Töne, in der Reihenfolge vom Grundton aufwärts, die dann mit den römischen Zahlen nummeriert werden. Über all die Stufen kann man jetzt das Dreiklang konstruieren, indem man 2 Terzen darüber schichtet. Die Töne, die man dazu braucht, kann man auch aus der Tonleiter ziehen, denn sie sind leitereigen. Weil es verschiedene Terzabstände innerhalb der Akkorde gibt, entstehen so 3 unterschiedliche Arten von Dreiklängen. Dur: große Terz – kleine Terz mit den Stufen I, IV und V, Moll: kleine Terz – große Terz mit den Stufen II, III und VI und vermindert: kleine Terz – kleine Terz mit der Stufe VII. Bei Dur und Moll bleibt das Rahmenintervall aber unverändert. Die II bei jeder beliebigen Dur-Tonart beschreibt beispielsweise immer den Molldreiklang, und zwar denjenigen, der mit den leitereigenen Tönen über die 2. Stufe der Tonleiter gebildet wird.
Wenn man die Akkordbildung für ein Moll betrachtet, ergibt sich im Fall von c-Mol die folgende Verteilung: Moll in Stufen I, IV und V, Dur in Stufen III, VI und VII und vermindert in der Stufe II, wobei in der Praxis auch die Stufe V oft als Dur-Akkord gespielt wird, doch die Terz ist kein Bestandteil der Moll-Tonleiter. Man kann den Ausgangsdreiklang mit der Aufschichtung der weiteren Terzen erweitern. Es kommt dann zu den Vierklängen, Fünfklängen, usw. Das zeigt man aber mit den arabischen Zahlen, die man die rechts oben neben die römische Zahl schreibt. Das Wert gibt dann ein Intervall des zusätzlichen Tones, bezogen auf den Grundton des Dreiklangs an: zum Beispiel bezeichnet dann eine 7 die Septime und eine 9 die None.Weil die Intervalle 1 alias Grundton, 3 alias Terz und 5 alias Quinte sowieso im Dreiklang zu finden sind, bezeichnet man diese Töne nicht.
Selten kommt es vor, dass die Quinte des Dreiklangs betroffen ist. Es passiert fast nie am Grundton, aber dafür sehr oft am Terz. Das passiert deswegen, weil die Terz - egal ob groß oder klein - den Dreiklang in Dur oder Moll einordnen kann. Wenn man beispielsweise die V. Stufe einer Molltonleiter mit dem charakteristischen Leitton versehen will, muss man die kleine Terz um einen Halbton erhöhen. Das passiert, wenn eine 3 mit Kreuz (?) rechts zu der römischen Zahl gestellt wird. Diese Veränderung ist die häufigste dieser Art ist, deswegen kommt es oft vor, dass man die 3 weg lässt, und nur ein Kreuz dazu schreibt. Wenn man einen anderen Ton meint, muss dieser bezeichnet werden, entweder mit den hinzugefügten, oder mit den ersetzenden Tönen. Die Erniedrigung des Tones zeichnet man mit einem ?. Die Stufentheorie beschreibt keine Spannungsbeziehungen zwischen Akkorden, ist aber sehr elementar aufgebaut, was ihr große Vorteile bringt. Mit ihrer Hilfe kann man viele Akkorde, bei denen die Funktionstheorie versagt, ohne weiteres erfassen, weil es zur keinen Deutung des Klangs kommt, sondern nur zur beschreibung der verwendeten Töne. Um das zu verstehen kann man sich am Beispiel der Probleme der funktionsharmonischen Deutung vom Tristan-Akkord ansehen.